В данной статье рассмотрена проблема неполноты отчетных данных в сложных системах в сфере здравоохранения. Проанализированы основные причины возникновения данной проблемы на примере системы мониторинга ПНПЗ (Приоритетный национальный проект «Здоровье»). Предложено решение по устранению неполноты отчетных данных с помощью применения методов интеллектуального анализа данных. Получены результаты применения предложенного метода к отчетным данным системы мониторинга ПНПЗ. Проведен анализ точности предложенного решения.